Elisabeth Schmitz unterrichtet seit 1929 Deutsch, Geschichte und evangelische Religionslehre am Berliner Luisen-Oberzyleum. 1935 wird sie nach Berlin-Lankwitz strafversetzt. Am 1. April 1939 tritt sie freiwillig in den vorzeitigen Ruhestand, da sie sich weigert, im nationalsozialistischen Sinne zu unterrichten. Schmitz engagiert sich in der Bekennenden Kirche. Nicht zuletzt durch die enge Freundschaft mit Martha Kassel, einer 1938 emigrierten protestantischen Ärztin jüdischer Herkunft, registriert Schmitz die judenfeindlichen Maßnahmen des NS-Regimes sehr genau und sieht ihre Kirche in der Pflicht, sich offen auf die Seite der Verfolgten zu stellen. Mit ihrer Denkschrift „Zur Lage der deutschen Nichtarier” von 1935/36 fordert sie die Bekennende Kirche auf, öffentlich gegen die Verfolgungen und für die Menschen jüdischer Herkunft einzutreten. Sie warnt darin vor einer weiteren Steigerung der judenfeindlichen Maßnahmen. Doch ihre eindringliche Schrift bleibt bei den kirchlichen Leitungsgremien unbeachtet. Nach dem Novemberpogrom 1938 bekräftigt sie ihre Position, kann jedoch auch jetzt keinen einhelligen, offensiven Protest der Bekennenden Kirche erwirken. Gemeinsam mit einem Kreis ehemaliger Kolleginnen und Schülerinnen leistet Schmitz nach Beginn der Massendeportationen Hilfe für versteckt lebende Juden und stellt zeitweise ihre Wohnung als Quartier zur Verfügung. 1943 kehrt Schmitz in ihre Heimatstadt Hanau zurück, wo sie das Kriegsende überlebt.