Margarete Sommer studiert in Berlin Philosophie und Volkswirtschaftslehre, promoviert 1924 hier und wird Dozentin an mehreren der neugegründeten Wohlfahrtsschulen. Ab 1927 lehrt sie am Fürsorge-Seminar des Pestalozzi-Fröbel-Hauses in Berlin. Als sie sich 1934 weigert, die nationalsozialistischen Sterilisationsgesetze im Unterricht zu vermitteln, wird sie zur Kündigung gezwungen. Ab 1935 ist Margarete Sommer Mitarbeiterin des Bischöflichen Ordinariats Berlin und berät rassisch Verfolgte beim Caritas-Notwerk. 1939 wird sie Diözesanleiterin für die Frauenseelsorge und übernimmt 1941 auch die Geschäftsführung des Hilfswerks beim Bischöflichen Ordinariat Berlin, dessen Verantwortung beim Dompropst Bernhard Lichtenberg, nach dessen Verhaftung am 23. Oktober 1941 beim Bischof Konrad Graf von Preysing liegt. In dieser Funktion koordiniert Margarete Sommer die katholische Hilfe für rassisch Verfolgte, die mit Zuspruch, Lebensmitteln, Kleidung und Geld unterstützt werden. Margarete Sommer sammelt Informationen über Deportationen, die Lebensbedingungen in Konzentrationslagern sowie über Erschießungskommandos der SS. Seit 1942 verfasst sie mehrere schriftliche Berichte darüber. Einer gelangt als "Bericht über die Abwanderung der Juden" im August 1942 auch nach Rom. Margarete Sommer kann das Kriegsende überleben und setzt nach 1945 ihre Arbeit beim Bischöflichen Ordinariat Berlin mit der Hilfe für überlebende NS-Verfolgte fort.