Seit 1941 ist der Berufssoldat Eduard Wagner Generalquartiermeister des Heeres. In dieser Funktion verhandelt er im Frühjahr 1941 über die Kompetenzen der "Einsatzgruppen des Chefs der Sicherheitspolizei und des SD", die als spezielle Mordkommandos ab Juni 1941 an der Front eingesetzt werden. Als Generalquartiermeister ist er aber auch mitverantwortlich für die Besatzungspolitik hinter der Front, vor allem auch für die völlig unzureichende Ernährung der sowjetischen Kriegsgefangenen, die im Winter 1941/42 zu Hundertausenden sterben. Seit 1943 teilt Wagner die Sorge der Verschwörer um den Ausgang des Krieges und unterstützt deshalb die Vorbereitung eines Anschlags auf Hitler durch die verschiedenen Gruppen der Militäropposition. Im Juni 1944 drängt Eduard Wagner Claus Schenk Graf von Stauffenberg zu einer raschen Entscheidung über das Attentat, um das Vordringen sowjetischer Truppen auf das Reichsgebiet abzuwenden. Unter anderem stellt er am 20. Juli 1944 das Flugzeug für den Rückflug Stauffenbergs von Ostpreußen nach Berlin zur Verfügung. Wagners maßgebliche Beteiligung an dem Umsturzversuch wird der Gestapo rasch bekannt. Seiner Verhaftung kommt Eduard Wagner am Mittag des 23. Juli 1944 durch den Freitod zuvor.